Splošni podatki

Članica UL: Veterinarska fakulteta 

Naziv nosilca projekta:

Status:  Nosilec 

Šifra projekta/akronim projekta : J4-8224

Naslov projekta: Ugotavljanje in karakterizacija povzročiteljev kužnih bolezni z metodo naslednje generacije sekvenciranja

Financer: Javna agencija za raziskovalno dejavnost Republike Slovenije

Obdobje financiranja: 01.05. 2017 - 31.04. 2020

Letni obseg FTE ali EUR: 2.412 ur; 1,15 FTE

Vodja (na VF): izr. prof. dr. Ivan Toplak

Veda: 4.04 Veterina

Sodelujoče RO:

Veterinarska fakulteta Univerze v Ljubljani, Gerbičeva 60, 1000 Ljubljana
Nacionalni laboratorij za zdravje, okolje in hrano, NLZOH, Prvomajska 1, 2000 Maribor
Omega d.o.o., Dolinškova 8, 1000 Ljubljana

Faze projekta

Slika 1: Grafični prikaz izvajanja vsebine projekta

Vsebinski opis projekta

Z metagenomskim pristopom bomo ugotavljali prisotnost posameznih ali več patogenov v vzorcih, hkrati pa bomo v vzorcih v primeru bolezni virusne etiologije določali tudi zaporedja celotnih virusnih genomov za namen ugotavljanja genetskih značilnosti oz. posebnosti v povezavi s klinično sliko bolezni. Pri bakterijah bomo ugotavljali determinante virulence, odpornosti proti protimikrobnim zdravilom ter ugotavljali morebitno vlogo živalskih in okoljskih izolatov za okužbe ljudi. Na podlagi zaporedij celotnih genomov jih bomo filogenetsko analizirali in tipizirali. V raziskavo bomo vključili vzorce klinično obolelih živali z znaki črevesnih ali respiratornih obolenj, saj so njihovi povzročitelji najpogostejši vzrok kužnih obolenj pri ljudeh in živalih v svetovnem merilu. Vključili bomo tudi vzorce poginulih in obolelih živali z neznano etiologijo bolezni s hujšo klinično sliko. Med patogenimi bakterijami se bomo osredotočili na proti meticilinu odporni vrsti Staphylococcus aureus (MRSA) in Staphylococcus pseudintermedius (MRSP), ki postajata vse bolj pereč problem v humani in veterinarski medicini. Proučevali bomo tudi bakterije Clostridium difficile, ker se izolati, ki so bili v preteklosti povezani z živalskimi gostitelji, vse bolj pojavljajo pri ljudeh. Pri virusnih okužbah se bomo osredotočili na terenske izolate različnih vrst virusov, ki smo jih pridobili iz klinično obolelih živali. V projekt bomo vključili ekonomsko pomembne viruse, kot sta virus prašičjega reprodukcijskega in respiratornega sindroma (PRRS) in virus goveje virusne diareje (BVD), kar je pomembno za razjasnitev njihove epidemiologije in za nadzor bolezni. Vključili bomo tudi virus modrikastega jezika (BTV) in viruse stekline ter novo porajajoče enterične viruse.
 
Glavni namen projekta je dopolnitev in širitev že obstoječih metod z novo tehnologijo NGS, s katero želimo najprej razviti, optimizirati in uvesti postopke NGS za potrebe hitrega ugotavljanja patogenov v različnih kliničnih vzorcih z metagenomskim pristopom. Določali bomo tudi zaporedja celotnih virusnih in bakterijskih genomov, ugotavljali pomen genetskih značilnosti pri nastanku kliničnih znakov bolezni ter epidemiološko povezavo med sevi posameznih patogenov. V okviru projekta bo tako poleg uspešne priprave vzorcev za sekvenciranje NGS glavni izziv tudi bioinformacijska analiza pridobljenih podatkov.

Sestava projekte skupine

1.    Veterinarska fakulteta    20040    Ivan Toplak    Vodja
2.    Veterinarska fakulteta    08023    Olga Zorman Rojs    Raziskovalec
3.    Veterinarska fakulteta    08321    Peter Hostnik    Raziskovalec
4.    Veterinarska fakulteta    11133    Matjaž Ocepek    Raziskovalec
5.    Veterinarska fakulteta    12682    Irena Zdovc    Raziskovalec
6.    Veterinarska fakulteta    18888    Andrej Kirbiš    Raziskovalec
7.    Veterinarska fakulteta    22446    Brigita Slavec    Raziskovalec
8    Veterinarska fakulteta    23320    Uroš Krapež    Raziskovalec
9.    Veterinarska fakulteta    24296    Darja Kušar    Raziskovalec
10.    Veterinarska fakulteta    24598    Tina Pirš    Teh. sodelavec
11.    Veterinarska fakulteta    24612    Mateja Pate    Raziskovalec
12.    Veterinarska fakulteta    25841    Urška Jamnikar Ciglenečki    Raziskovalec
13.    Veterinarska fakulteta    26569    Aleksandra Grilc Fajfar    Raziskovalec
14.    Veterinarska fakulteta    28448    Jana Avberšek    Raziskovalec
15.    Veterinarska fakulteta    28450    Urška Kuhar    Raziskovalec
16.    Veterinarska fakulteta    31553    Danijela Rihtarič    Teh. sodelavec
17.    Veterinarska fakulteta    33447    Urška Zajc    Teh. sodelavec
18.    Veterinarska fakulteta    36307    Petra Raspor Lainšček    Teh. sodelavec
19.    Veterinarska fakulteta    38144    Bojan Papič    MR
20.    Veterinarska fakulteta    50526    Laura Šimenc    MR
21.    Veterinarska fakulteta    06570    Jože Grom    Raziskovalec
22.    NLZOH    12278    Maja Rupnik    Raziskovalec
23.    NLZOH    30755    Sandra Janežič    Raziskovalec
24.    NLZOH    33511    Valerija Tkalec    Raziskovalec
25.    NLZOH    37161    Tanja Vrabič    Teh. sodelavec
26.    NLZOH    37544    Aleksander Mahnič    MR
27.    Omega    07632    Minka Kovač    Raziskovalec
28.    Omega    08076    Anton Kovač    Raziskovalec
29.    Omega    22582    Nataša Toplak    Raziskovalec
30.    Omega    25973    Simon Koren    Raziskovalec