TP

Ugotavljanje in karakterizacija povzročiteljev kužnih bolezni z metodo naslednje generacije sekvenciranja

Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit, sed do eiusmod tempor incididunt.

Splošni podatki

Članica UL: Veterinarska fakulteta
Šifra: J4-8224
Naziv: Ugotavljanje in karakterizacija povzročiteljev kužnih bolezni z metodo naslednje generacije sekvenciranja
Obdobje: 01.05. 2017 – 30.04. 2020
Letni obseg: 1,41 FTE
Vodja: Ivan Toplak
Veda: Biotehniške vede/Veterina
Sodelujoče RP: NLZOH, Omega d.o.o.
Faze projekta:
Bibliografske reference:

Vsebinski opis projekta

Razvoj in dostopnost tehnologij naslednje generacije sekvenciranja (angl. next-generation sequencing, NGS) hitro spreminjata področje raziskav in odpirata nove možnosti, s katerimi si lahko odgovorimo na vprašanja, ki smo jih doslej z obstoječimi molekularnimi metodami težko reševali. Določitev celotnega genoma znanega patogena ali več neznanih genomov v vzorcu daje dodatno vrednost k poznavanju patogena. Nove postopke pa ne nazadnje uvajamo tudi zaradi zahtev in potreb naročnikov. NGS zagotavlja popolnejšo sliko o tem, kako je genom mikroorganizma sestavljen, iz tega pa lahko sklepamo na njegovo patogenost v povezavi z gostiteljem in okoljem, kjer smo ga odkrili. Tehnologija NGS, poznana tudi kot masovno vzporedno sekvenciranje ali sekvenciranje visokih zmogljivosti, se je izkazala za zelo obetavno orodje pri ugotavljanju in karakterizaciji patogenov. Poleg tega da ugotavljanje patogenov z NGS že postaja pomembno orodje v kliničnih laboratorijih, ima NGS še številne druge prednosti. Te vključujejo ugotavljanje različnih genetskih determinant in mutacij, napoved fenotipa (odpornosti, virulence) glede na genotip, preučevanje sestave najrazličnejših mikrobnih združb ter tipizacijo sevov na podlagi celotnega genoma. Z NGS hkrati sekvenciramo veliko število kratkih zaporedij (odčitkov, angl. reads). V nadaljevanju odčitke sestavimo v daljša zaporedja (soseske, angl. contigs) na podlagi njihovega medsebojnega prekrivanja. Sledi anotacija zaporedij, kjer identificiramo posamezne genetske determinante in predvidimo njihovo funkcijo. Visoka zmogljivost in nižji stroški sekvenciranja DNA na bazni par ter dostopnost in prilagodljivost platform NGS so glavne prednosti NGS v primerjavi s prej pogosto uporabljenim sekvenciranjem po Sangerju.

Sestava projektne skupine