Skip to main content

Meni zgoraj

  • Dežurni veterinar
  • Stalna pripravljenost NVI
  • Delovni čas
  • Sprejem vzorcev
  • Kontakt

Main navigation

  • Izobraževanje
  • Klinike
  • Diagnostika
  • Dobrobit
  • NVI
  • Raziskovanje
  • O nas
  • Hub
  • English
  • Slovenian
Novice
4. jan, 2019
Diagnostika

Slovenci vodilni v prepoznavanju bioterorističnih agensov s sekvenciranjem naslednje generacije

Inštitut za mikrobiologijo in parazitologijo

bioterorizem

Bioterorizem predstavlja grožnjo nacionalni in mednarodni varnosti. Klasične metode za ugotavljanje in identifikacijo tovrstnih agensov (npr. gojiščne preiskave, PCR) so lahko hitre in zanesljive, vendar so usmerjene in praviloma ne omogočajo ugotavljanja specifičnih genetskih sprememb, ki so odgovorne za stopnjo virulence izolata. S pojavom sekvenciranja naslednje generacije (angl. next-generation sequencing, NGS) je možen  vpogled v celotni genetski material proučevanih mikroorganizmov ali vzorcev, kar nam omogoča identifikacijo vrste (seva) in ugotavljanje genetskih sprememb (npr. namenski vnos zapisa za dejavnik virulence).

Po drugi strani metoda NGS predstavlja svojevrsten izziv zaradi zahtevne bioinformacijske obdelave velike količine pridobljenih sekvenčnih podatkov.

Z namenom vpogleda v trenutno stanje pripravljenosti držav za ugotavljanje bioterorističnih agensov z metodo NGS – specifično z metodo sekvenciranja celotnih  genomov (angl. whole-genome sequencing, WGS) – je ameriška organizacija ‘United Nations Secretary-General’s Mechanism for Investigation of Alleged Use of Chemical, Biological or Toxin Weapons’ (UNSGM) v sodelovanju z ‘Danish Technical University’ (DTU) v letu 2018 organizirala medlaboratorijsko kontrolo. K sodelovanju je pozvala številne referenčne laboratorije po celem svetu.

Ker ima Inštitut za mikrobiologijo in parazitologijo VF z Ministrstvom za obrambo RS sklenjeno pogodbo za strokovno svetovanje in ukrepanje v primeru napada z biološkim orožjem, smo v tej medlaboratorijski kontroli sodelovali tudi mi (laboratorij za molekularno bakteriologijo).

Medlaboratorijska kontrola je bila namenjena identifikaciji mikrobne vrste, ugotavljanju morebitnih namernih genetskih sprememb (vnosa ali izbrisa zapisov za dejavnike virulence) ter ugotavljanju usposobljenosti laboratorija za oceno biološkega tveganja. V izmišljenem (a vendar realističnem) scenariju za medlaboratorijsko kontrolo je osumljeni delavec v mikrobiološkem laboratoriju pustil 36 neoznačenih vzorcev – potencialnih bioterorističnih agensov. Na voljo so bila njihova genomska zaporedja. Za katero vrsto gre? Ali je ta vrsta bioteroristični agens? Ali je izolat v vzorcu osumljeni gensko spremenil (GSO) in s tem vplival na njegovo virulenco?

Na zgoraj našteta vprašanja smo sodelujoči laboratoriji morali odgovoriti v enem mesecu po prejemu genomskih zaporedij, popolnoma po lastnih idejah, ter za ta namen uporabiti poljubna bioinformacijska orodja in lastno strokovno presojo. V testu so sodelovali javnozdravstveni, veterinarski in splošni mikrobiološki laboratoriji ter laboratoriji, specializirani za biološko obrambo. Sodelujoče inštitucije so bile razporejene globalno. Nekatere države so sodelovale z več laboratoriji. Sodelovalo je skupno 60 laboratorijev. Inštitut za mikrobiologijo in parazitologijo VF UL (Bojan Papić, Darja Kušar, Jana Avberšek) se je med sodelujočimi laboratoriji odrezal  najbolje, in sicer z uspešnostjo 94,3 %. Dobro so se izkazali tudi laboratoriji iz Kitajske, Norveške, Nemčije, Švedske, Portugalske, Velike Britanije, Švice, ZDA, Francije, Singapurja, Belgije, Italije in Avstralije, z uspešnostjo od 91,4 % do 82,3 %. Večina sodelujočih inštitucij (44/60) je imela manj kot 80-odstotno uspešnost. Rezultati kažejo, da je Slovenija zelo dobro pripravljena na morebitno prepoznavanje bioterorističnih agensov z NGS. Sicer pa je zaskrbljujoča splošna slaba uspešnost sodelujočih inštitucij, kar kaže na potrebo po usposabljanju osebja na področju bioterorizma in bioinformacijske obdelave podatkov NGS.

Filter
Dogodek Aktualno Strokovno Klinika Diagnostika Raziskovanje Izobraževanje Dobrobit
Oznake
bioterorizem NGS
Najbolj brano
Psička Pika s kontinuiranim merilcem krvnega sladkorja

Psička Pika s kontinuiranim merilcem krvnega sladkorja

Metronomska kemoterapija

Metronomska kemoterapija

Portal GoinGlobal – pomoč pri iskanju prakse v tujini

Portal GoinGlobal – pomoč pri iskanju prakse v tujini

podelitev

Podelitev diplom diplomantom

  • Prejšnja vsebina
    FECAVA - Evropsko združenje veterinarjev za male živali
  •  Naslednja vsebina
    Nova mobilna številka dežurne službe
Lokacija

Gerbičeva 60

SI-1000 Ljubljana

Slovenija

Dežurni veterinar

Nujna veterinarska pomoč za pse in mačke in telefonska številka stalne pripravljenosti.

Preberi več
Knjižnica

Bogat izbor domače in tuje strokovne literature s področja veterinarske medicine in drugih ved.

Preberi več
Stalna pripravljenost NVI

Seznam osebja v stalni pripravljenosti za potrebe nadzora.

Preberi več
Pomembne številke

Matična, registrska, šifra dejavnosti, bančna, davčna številka.

Preberi več
Sprejem vzorcev

Vzorce sprejemamo na večih lokacij po vsej Sloveniji. Oglejte si kje vse.

Preberi več
Novičarska lista

Naročite se na obveščanje o naših storitvah in koristne nasvete.

Naroči se
Sledite nam
Zagotavljanje kakovosti
Družbeno odgovoren delodajalec
Zasnova in izvedba: ENKI, d.o.o. Pravno obvestilo Piškotki

Main navigation

  • Izobraževanje
    • Informativni dan
    • Zakaj postati veterinar?
    • Dodiplomski študij
      • Stari program
      • 1. letnik
      • 2. letnik
      • 3. letnik
      • 4. letnik
      • 5. letnik
      • 6. letnik
      • Informacije za študente
      • E-učilnica
      • VIS
      • Urnik
    • Podiplomski študij
      • Biomedicina
      • Varstvo okolja
      • E-učilnica
    • Pripravništvo
    • Poletna šola Biovarnost
    • Permanentno izobraževanje
    • Strokovno izpopolnjevanje
      • Bujatrika
      • Perutnina
      • Eksoti
      • Male živali
      • Varna hrana
    • Mednarodna dejavnost
      • Erasmus+ SMS
      • Erasmus+ SMP
      • Erasmus+ doktorske mobilnosti
      • CEEPUS
      • Samostojna pripravništva
      • Kontakt
    • Mednarodna dejavnost - Tuji študentje
      • Študijska izmenjava
      • Praktično usposabljanje
    • Po kreativni poti do znanja
    • Tutorstvo
    • Obštudijske dejavnosti
    • Karierni centri UL
    • Alumni
      • Finančna pomoč
    • Študentske organizacije in društva
      • ŠSVF
      • IVSA Slovenija
      • Društvo podiplomskih študentov
    • Kakovost študija
  • Klinike
    • Klinika za reprodukcijo in velike živali
      • Klinika za zdravstveno varstvo in rejo konj
      • Selekcija konj
      • Klinika za prežvekovalce in prašiče
      • Klinika za reprodukcijo
      • CSR Vremščica
    • Klinika za male živali
      • Interna medicina
      • Kirurgija in oftalmologija
      • Anestezija
      • Stomatologija
      • Dermatologija
      • Kardiologija
      • Onkologija
      • Infekcijske bolezni
      • Kiropraktika
      • Bolnišnična nega
      • Rentgen
      • Ultrazvok
      • Endoskopija
      • Diagnostični laboratorij
      • Računalniška tomografija (CT)
    • Klinika za ptice, male sesalce in plazilce
    • Inštitut za patologijo, divjad, ribe in čebele
    • Sprejem vzorcev
  • Diagnostika
    • Inštitut za predklinične vede
    • Inštitut za mikrobiologijo in parazitologijo
    • Inštitut za perutnino, ptice, male sesalce in plazilce
    • Inštitut za varno hrano, krmo in okolje
    • Inštitut za patologijo, divjad, ribe in čebele
    • Sprejem vzorcev
  • Dobrobit
    • Nacionalni center za dobrobit živali
    • Kaj je dobrobit živali?
    • Zakonodaja
    • Mnenja, pojasnila in poročila
    • Protokoli in indikatorji
    • Dobra praksa
    • Izobraževanje
    • Publikacije
  • NVI
    • Območne enote NVI
      • NVI Nova Gorica
      • NVI Ljubljana
      • NVI Kranj
      • NVI Celje
      • NVI Maribor
      • NVI Murska Sobota
      • NVI Novo mesto
    • Inštituti NVI
    • Nacionalni referenčni laboratoriji
    • Veterinarsko higienska služba
    • Sprejem vzorcev
    • Vzorčenje
    • Zdravstveno varstvo čebel
      • Spremljanje napadenosti z varojami
      • Izobraževanja v okviru uredbe
      • Redna izobraževanja
      • Promet s čebelami
      • Poročila, nasveti in članki
      • Zdravljenje čebel
  • Raziskovanje
    • Raziskovalna oprema
    • Projekti
    • Programske skupine
      • P4-0053
      • P4-0092
    • Slovenski veterinarski zbornik
    • CSR Vremščica
    • Eksperimentalni center
  • O nas
    • Vodstvo
    • Organi VF
    • Splošne službe
      • Kakovost
      • Tajništvo
      • Knjižnica VF
    • Zaupne osebe
    • Imenik
    • Pomembne številke
    • Javne objave
    • Informacije javnega značaja
    • Za zaposlene
  • Hub
    • Aktualno
    • Dogodki
    • Strokovno
    • Klinika
    • Diagnostika
    • Raziskovanje
    • Izobraževanje
    • Javna obvestila