Pedagoška dejavnost

Veterinarska fakulteta Univerze v Ljubljani - Dodiplomski študij Veterinarstvo

• Epizootiologija (nosilec)

Veterinarska fakulteta Univerze v Ljubljani - Podiplomski študij Biomedicina - Veterinarska medicina

• Osnove molekularne virologije (nosilec)

Življenjepis

Ivan Toplak je profesor epizootiologije na Veterinarski fakulteti Univerze v Ljubljani. Študij je končal na Veterinarski fakulteti v Ljubljani leta 1998 in se istega leta zaposlil na Inštitutu za mikrobiologijo, na Enoti za virologijo. Leta 2002 je magistriral, leta 2004 pa doktoriral na temo genetske heterogenosti virusnih sevov bovine virusne diareje (BVD), izoliranih v Sloveniji. 

Leta 2001 in 2005 se je strokovno izpopolnjeval v Veterinary Laboratory Agency v Weybridge v Veliki Britaniji, leta 2002 v Katholieke Universitet Leuven v Belgiji, leta 2005, 2006 in 2009 v CISA-INIA v Valdeolmosu v Španiji, leta 2006 v CODA-CERVA Institute v Belgiji in leta 2007 na Instituto Zooprofilattico Sperimentale Della Lombardia v Brescii v Italiji. Udeležil se je več kot 100 konferenc in srečanj doma in v tujini, ker je svoje raziskovalno delo predstavljal v obliki ustnih predavanj in posterjev. Bil je vodja dveh mednarodnih bilateralnih projektov s Srbijo (2010-2011) in Kitajsko (2011-2013) ter koordinator za Slovenijo pri dveh COST mednarodnih projektih (2009-2013 in 2016-2020).

Raziskovalno se dve desetletji ukvarja s preučevanjem vnosov in širjenjem novih ter prisotnih virusnih bolezni pri različnih vrstah živali v Sloveniji. Objavil je več kot 60 izvirnih znanstvenih člankov, več kot 50 strokovnih prispevkov in ima več kot 420 zapisov v bazi Cobiss. Z določanjem nukleotidnega zaporedja kratkih odsekov ali celotnih genomov različnih virusov ter izvedeno genetsko tipizacijo je določil več kot 500 virusnih zaporedij slovenskim sevom, ki so dostopna v genski banki podatkov (GenBank). Izvedel je prve obsežne molekularno-epidemiološke študije virusnih bolezni in pojasnil širjenje virusov med okuženimi rejami. Preučeval je nove vnose iz tujine in na podlagi genetske primerjave izoliranih virusnih povzročiteljev v državi, kot sta virus BVD in virus PRRS sledil in ugotavljal raznolikost virusov. V Sloveniji je dokazal in genetsko karakteriziral prve izolate virusov BVD (2000), prašičjega cirkovirusa tip 2 pri domačih (2001) in divjih prašičih (2002), vnos virusa virusne hemoragične septikemije pri postrvih (2007), vnos Koi herpes virusa pri krapih (2008), virusa prašičjega reprodukcijskega in respiratornega sindroma (2009), virusa Schmallenberg (2012), virusa prašičje epidemične diareje (2015), prašičjega bokavirusa (2015), prašičjega cirkovirusa tip 3 (2019) in drugih. 

Več kot desetletje se ukvarja z ugotavljanjem, spremljanjem in preučevanjem dinamike virusnih okužb pri naši avtohtoni kranjski čebeli (Apis mellifera carnica). Z raziskavami različnih čebeljih virusov uvaja nove metode, proučuje pogostost pojavljanja, potek okužbe v čebelji družini, vpliv virusnih okužb na preživetje čebeljih družin in prenose različnih virusov med čebeljimi družinami ter varojo.

Med leti 2017 in 2020 je bil vodja projekta z naslovom ''Ugotavljanje in karakterizacija povzročiteljev kužnih bolezni z metodo naslednje generacije sekvenciranja''. Določil je prve celotne genome virusov prašičje epidemične diareje (2016), virusov bovine virusne diareje podtipov 1b, 1d, 1f, 1e in 1h (2016 - 2019) izoliranih v Sloveniji in virusov klasične prašičje kuge genotipa 2.3 (2019) ter prvega izoliranega virusa vozličastega dermatitisa (2017) iz Srbije. 

Za potrebe preučevanja virusov uvaja in razvija nove diagnostične postopke in protokole, ki so v nadaljevanju preneseni in uporabljeni v rutinskem laboratoriju za diagnostiko virusnih bolezni. Od leta 2010 naprej je izvedel akreditacijo več molekularnih metod po ISO/IEC 17025 za dokazovanje nukleinske kisline virusov s PCR v realnem času. Kot odgovoren strokovnjak vodi razvoj in izvajanje najzahtevnejše diagnostike nekaterih posebno nevarnih in ekonomsko pomembnih virusnih bolezni, ki se izvajajo za potrebe strank in nadzora bolezni v državi v okviru Nacionalnega veterinarskega inštituta. Prav tako sodeluje pri načrtovanju različnih programov za nadzor in zatiranje virusnih bolezni doma in v mednarodnem prostoru. Med leti 2009 in 2018 je bil vodja zagotavljanja kakovosti za področje virologije, od leta 2011 naprej pa je notranji presojevalec sistema kakovosti na Veterinarski fakulteti. 

Izbrana bibliografija

Cobiss

1. BALKA, Gyula, TOPLAK, Ivan, et al. Genetic diversity of PRRSV 1 in Central Eastern Europe in 1994-2014 : origin and evolution of the virus in the region. Scientific reports, ISSN 2045-2322, 2018, vol. 8, art. no. 7811, 12 str., ilustr. https://www.nature.com/articles/s41598-018-26036-w, doi: 10.1038/s41598-018-26036-w. [COBISS.SI-ID 4554618], [JCR, SNIP] 
2. MUTH, Doreen, RIHTARIČ, Danijela, TOPLAK, Ivan, et al. Attenuation of replication by a 29 nucleotide deletion in SARS-coronavirus acquired during the early stages of human-to-human transmission. Scientific reports, ISSN 2045-2322, 2018, vol. 8, art. no. 15177, str. 1-11, ilustr. https://www.nature.com/articles/s41598-018-33487-8, doi: 10.1038/s41598-018-33487-8. [COBISS.SI-ID 4695674], [JCR, SNIP] 
3. VENGUŠT, Gorazd, ŽELE, Diana, TOPLAK, Ivan, RIHTARIČ, Danijela, KUHAR, Urška. Post-epidemic investigation of Schmallenberg virus in wild ruminants in Slovenia. Transboundary and emerging diseases, ISSN 1865-1674, 2020, str. 1-8. https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/tbed.13495, doi: 10.1111/tbed.13495. [COBISS.SI-ID 4933754], [JCR, SNIP] 
4. RIHTARIČ, Danijela, HOSTNIK, Peter, GROM, Jože, TOPLAK, Ivan. Molecular epidemiology of rabies virus isolates in Slovenia 1994-2010. Veterinary Microbiology, ISSN 0378-1135. [Print ed.], 2011, no. 1/2, vol. 152, str. 181-186. [COBISS.SI-ID 3383418], [JCR, SNIP] 
5. TOPLAK, Ivan, JAMNIKAR CIGLENEČKI, Urška, ARONSTEIN, Katherine, GREGORC, Aleš. Chronic bee paralysis virus and Nosema ceranae experimental co-infection of winter honey bee workers (Apis mellifera L.). Viruses, ISSN 1999-4915, 2013, vol. 5, str. 2282-2297. http://www.mdpi.com/journal/viruses, https://dk.um.si/IzpisGradiva.php?id=66382&lang=slv, doi: 10.3390/v5092282. [COBISS.SI-ID 4320616], [JCR, SNIP] 
6. RASPOR LAINŠČEK, Petra, TOPLAK, Ivan, KIRBIŠ, Andrej. A comprehensive study of hepatitis E virus infection in pigs entering a slaughterhouse in Slovenia. Veterinary Microbiology, ISSN 0378-1135. [Print ed.], 2017, vol. 212, str. 52-58. [COBISS.SI-ID 4408954], [JCR, SNIP] 
7. KUHAR, Urška, ZAVRŠNIK, Janja, TOPLAK, Ivan, MALOVRH, Tadej. Detection and molecular characterisation of equine infectious anemia virus from field outbreaks in Slovenia. Equine veterinary journal, ISSN 0425-1644, 2014, vol 43, no. 3, str. 386-391. http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/evj.12138/pdf, doi: 10.111/evj.12138. [COBISS.SI-ID 3711354], [JCR, SNIP] 
8. PETROVIĆ, Tamaš, KUHAR, Urška, LAZIĆ, Sava, PRODANOV-RADULOVIĆ, Jasna, LUPULOVIĆ, Diana, LAZIĆ, Gospava, TOPLAK, Ivan. Complete genome sequences of two strains of classical swine fever virus of subgenotype 2.3 detected during outbreaks in 2005 and 2006 in Serbia. Archives of virology, ISSN 0304-8608, 2019, vol. 164, no. 2, str. 629-631, ilustr. https://link.springer.com/article/10.1007%2Fs00705-018-4085-2, doi: 10.1007/s00705-018-4085-2. [COBISS.SI-ID 4722298], [JCR, SNIP] 
9. RIHTARIČ, Danijela, HOSTNIK, Peter, STEYER, Andrej, GROM, Jože, TOPLAK, Ivan. Identification of SARS-like coronaviruses in horseshoe bats (Rhinolophus hipposideros) in Slovenia. Archives of virology, ISSN 0304-8608, 2010, issue 4, vol. 155, str. 507-514, doi: 10.1007/s00705-010-0612-5. [COBISS.SI-ID 26729689], [JCR, SNIP] 
10. JAMNIKAR CIGLENEČKI, Urška, GROM, Jože, TOPLAK, Ivan, JEMERŠIĆ, Lorena, BARLIČ-MAGANJA, Darja. Real-time RT-PCR assay for rapid and specific detection of clasical swine fever virus : comparison of SYBR green and TaqMan MGB detection methods using novel MGB probes. Journal of virological methods, ISSN 0166-0934. [Print ed.], 2008, vol. 147, no. 2, str. 257-264, doi: 10.1016/j.jviromet.2007.09.017. [COBISS.SI-ID 2871674], [JCR, SNIP] 
11. MANKOČ RAMUŠ, Sara, HOSTNIK, Peter, GROM, Jože, TOPLAK, Ivan, KLOBUČAR, Igor, KOSEC, Marjan, BARLIČ-MAGANJA, Darja. Comparison of different molecular methods for assessment of equine arteritis virus (EAV) infection: A novel one-step MGB real-time RT-PCR assay, PCR-ELISA and classical RT-PCR for detection of highly diverse sequences of Slovenian EAV variants. Journal of virological methods, ISSN 0166-0934. [Print ed.], 2007, vol. 146, no. 1/2, str. 341-354. [COBISS.SI-ID 2825338], [JCR, SNIP] 
12. TOPLAK, Ivan, SANDVIK, Torstein, BARLIČ-MAGANJA, Darja, GROM, Jože, PATON, David J. Genetic typing of bovine viral diarrhoea virus : most Slovenian isolates are of genotypes 1d and 1f. Veterinary Microbiology, ISSN 0378-1135. [Print ed.], 2004, vol. 99, no. 3/4, str. 175-185. [COBISS.SI-ID 1955706], [JCR, SNIP] 
13. TOPLAK, Ivan, RIHTARIČ, Danijela, HOSTNIK, Peter, GROM, Jože, ŠTUKELJ, Marina, VALENČAK, Zdravko. Identification of a genetically diverse sequence of porcine reproductive and respiratory syndrome virus in Slovenia and the impact on the sensitivity of four molecular tests. Journal of virological methods, ISSN 0166-0934. [Print ed.], 2012, vol. 179, no. 1, str. 51-56. [COBISS.SI-ID 3477370], [JCR, SNIP] 
14. JAMNIKAR CIGLENEČKI, Urška, TOPLAK, Ivan. Development of a real-time RT-PCR assay with TaqMan probe for specific detection of acute bee paralysis virus. Journal of virological methods, ISSN 0166-0934. [Print ed.], 2012, vol. 184, no. 1/2, str. 63-68. [COBISS.SI-ID 3571578], [JCR, SNIP] 
15. ŠIMENC, Laura, KUHAR, Urška, JAMNIKAR CIGLENEČKI, Urška, TOPLAK, Ivan. First complete genome of Lake Sinai virus Lineage 3 and genetic diversity of Lake Sinai virus strains from honey bees and bumble bees. Journal of economic entomology, ISSN 0022-0493. [Print ed.], 2020, vol. 112, no. 1, str. 1-7, doi: 10.1093/jee/toaa049. [COBISS.SI-ID 5048698], [JCR, SNIP] 
16. JAMNIKAR CIGLENEČKI, Urška, PISLAK, Metka, TOPLAK, Ivan. Genetic diversity of deformed wing virus from Apis mellifera carnica (Hymenoptera:Apidae) and varroa mite (Mesostigmata: Varroidae). Journal of economic entomology, ISSN 0022-0493. [Print ed.], 2019, vol. 112, no. 1, str. 11-19. https://academic.oup.com/jee/advance-article/doi/10.1093/jee/toy312/5114634, doi: 10.1093/jee/toy312. [COBISS.SI-ID 4686458], [JCR, SNIP] 
17. SCHURR, Frank, TOPLAK, Ivan, et al. Trueness and precision of the real-time RT-PCR method for quantifying the chronic bee paralysis virus genome in bee homogenates evaluated by a comparative inter-laboratory study. Journal of virological methods, ISSN 0166-0934. [Print ed.], 2017, vol. 248, str. 217-225. [COBISS.SI-ID 4382842], [JCR, SNIP] 
18. HENIGMAN, Urška, BIASIZZO, Majda, GREBENC, Stanka, TOPLAK, Ivan, GOMBAČ, Mitja, STEYER, Andrej, POLJŠAK-PRIJATELJ, Mateja, AMBROŽIČ, Mateja, FONDA, Irena, KIRBIŠ, Andrej, BARLIČ-MAGANJA, Darja. Molecular characterisation of noroviruses detected in mussels (Mytilus galloprovincialis) from harvesting areas in Slovenia. The New microbiologica : journal of basic and clinical microbiological sciences, ISSN 1121-7138, 2015, vol. 38, no. 2, str. 225-233. http://www.newmicrobiologica.org/PUB/allegati_pdf/2015/2/225.pdf. [COBISS.SI-ID 4004986], [JCR, SNIP] 
19. GROM, Jože, HOSTNIK, Peter, TOPLAK, Ivan, BARLIČ-MAGANJA, Darja. Molecular detection of BHV-1 in the artificially inoculated semen and in the semen of latenyly infected bull treated with dexamethasone. The veterinary journal, ISSN 1090-0233, 2006, vol. 171, no. 3, str. 539-544. [COBISS.SI-ID 2527866], [JCR, SNIP] 
20. TOPLAK, Ivan, HOSTNIK, Peter, RIHTARIČ, Danijela, OLESEN, Niels Jørgen, SKALL, Helle Frank, JENČIČ, Vlasta. First isolation and genotyping of viruses from recent outbreaks of viral haemorrhagic septicaemia (VHS) in Slovenia. Diseases of aquatic organisms, ISSN 0177-5103, 2010, vol. 92, str. 21-29, doi: 10.3354/dao02251. [COBISS.SI-ID 3277178], [JCR, SNIP] 
21. HOSTNIK, Peter, BARLIČ-MAGANJA, Darja, ŠTRANCAR, Marjeta, JENČIČ, Vlasta, TOPLAK, Ivan, GROM, Jože. Influence of storage temperature on infectious haematopoietic necrosis virus detection by cell culture isolation and RT-PCR methods. Diseases of aquatic organisms, ISSN 0177-5103, 2002, vol. 52, št. 2, str. 179-184. [COBISS.SI-ID 1567354], [JCR, SNIP] 
22. BARLIČ-MAGANJA, Darja, KRAPEŽ, Uroš, MANKOČ RAMUŠ, Sara, TOPLAK, Ivan, ZORMAN-ROJS, Olga. Fusion and matrix protein gene sequence analysis of paramyxoviruses of type 1 (PMV-1) isolated from pigeons in Slovenia. Virus genes, ISSN 0920-8569. [Online ed.], 2005, vol. 31, no. 3, str. 265-273. [COBISS.SI-ID 2404730], [JCR, SNIP] 
23. KRAPEŽ, Uroš, BARLIČ-MAGANJA, Darja, TOPLAK, Ivan, HOSTNIK, Peter, ZORMAN-ROJS, Olga. Biological and molecular characterization of chicken anemia virus isolates from Slovenia. Avian diseases, ISSN 0005-2086, 2006, vol. 50, no. 1, str. 69-76. [COBISS.SI-ID 2520186], [JCR, SNIP] 
24. HOSTNIK, Peter, PICARD-MEYER, Evelyne, RIHTARIČ, Danijela, TOPLAK, Ivan, CLIQUET, Florence. Vaccine-induced rabies in a red fox (Vulpes vulpes): isolation of vaccine virus in brain tissue and salivary glands. Journal of wildlife diseases, ISSN 0090-3558, 2014, no. 2, vol. 50, str. 397-401. http://www.jwildlifedis.org/doi/abs/10.7589/2013-07-183, doi: 10.7589/2013-07-183. [COBISS.SI-ID 3793018], [JCR, SNIP] 
25. TOPLAK, Ivan, LAZIĆ, Sava, LUPULOVIĆ, Diana, PRODANOV-RADULOVIĆ, Jasna, BECSKEI, Zsolt, DOŠEN, Radoslav, PETROVIĆ, Tamaš. Study of the genetic variability of porcine circovirus type 2 detected in Serbia and Slovenia. Acta veterinaria Hungarica, ISSN 0236-6290, 2012, vol. 60, no. 3, str. 409-420. [COBISS.SI-ID 3581818], [JCR, SNIP] 
26. TOPLAK, Ivan, GROM, Jože, HOSTNIK, Peter, BARLIČ-MAGANJA, Darja. Phylogenetic analysis of type 2 porcine circovirus identifed in wild boar in Slovenia. Veterinary record, ISSN 0042-4900, 2004, vol. 155, no. 6, str. 178-180. [COBISS.SI-ID 2099578], [JCR, SNIP] 
27. PLUT, Jan, TOPLAK, Ivan, ŠTUKELJ, Marina. Variations in the detection of anti-PEDV antibodies in serum samples using three diagnostic tests : short communication. Acta veterinaria Hungarica, ISSN 0236-6290, 2018, vol. 66, no. 2, str. 337-342. https://akademiai.com/doi/abs/10.1556/004.2018.030. [COBISS.SI-ID 4585594], [JCR, SNIP] 
28. KEROS, Tomislav, JEMERŠIĆ, Lorena, TOPLAK, Ivan, PRPIĆ, Jelena. The silent spread of porcine bocavirus in Croatian pigs : should we be concerned?. Acta veterinaria Hungarica, ISSN 0236-6290, 2017, vol. 65, no. 4, str. 565-573. http://akademiai.com/doi/pdf/10.1556/004.2017.055. [COBISS.SI-ID 4429178], [JCR, SNIP] 
29. HOSTNIK, Peter, TOPLAK, Ivan, BARLIČ-MAGANJA, Darja, GROM, Jože, BIDOVEC, Andrej. Control of rabies in Slovenia. Journal of wildlife diseases, ISSN 0090-3558, 2006, vol. 42, no. 2, str. 459-465. [COBISS.SI-ID 2613114], [JCR, SNIP] 
30. TOPLAK, Ivan, RIHTARIČ, Danijela, GROM, Jože, TOPLAK, Nataša, KUHAR, Urška. Nearly complete genome sequences of two bovine viral diarrhea virus isolates, subtype 1f strain SLO/1170/2000 and subtype 1d strain SLO/2416/2002. Microbiology resource announcements, ISSN 2576-098X, 2019, vol. 8, iss. 46, str. 1-2. https://mra.asm.org/content/ga/8/46/e00931-19.full.pdf. [COBISS.SI-ID 4898938], [SNIP] 
31. JAMNIKAR CIGLENEČKI, Urška, TOPLAK, Ivan, KUHAR, Urška. Complete genome of chronic bee paralysis virus strain SLO/M92/2010, detected from Apis mellifera carnica. Genome announcements, ISSN 2169-8287, Jun. 2017, vol. 5, iss. 26, str. e00602-17 (2 str.). http://genomea.asm.org/content/5/26/e00602-17.full, doi: 10.1128/genomeA.00602-17. [COBISS.SI-ID 4344698] 
32. TOPLAK, Ivan, PETROVIĆ, Tamaš, VIDANOVIĆ, Dejan, ŠEKLER, Milanko, LAZIĆ, Sava, MANIĆ, Marija, PETROVIĆ, Miloš, KUHAR, Urška. The complete genome sequence of lumpy skin disease virus isolate Serbia/Bujanovac/2016, detected during an outbreak in the Balkan area. Genome announcements, ISSN 2169-8287, 2017, vol. 5, iss. 35, str. e00882-17 (2 str.). http://genomea.asm.org/content/5/35/e00882-17.full, doi: 10.1128/genomeA.00882-17. [COBISS.SI-ID 4374138] 
33. TOPLAK, Ivan, IPAVEC, Manica, KUHAR, Urška, KUŠAR, Darja, PAPIĆ, Bojan, KOREN, Simon, TOPLAK, Nataša. Complete genome sequence of the porcine epidemic diarrhea virus strain SLO/JH-11/2015. Genome announcements, ISSN 2169-8287, Mar./Apr. 2016, vol. 4, iss. 2, str. e01725-15. http://genomea.asm.org/content/4/2/e01725-15.full, doi: 10.1128/genomeA.01725-15. [COBISS.SI-ID 4131194] 
34. TOPLAK, Ivan, KUHAR, Urška, KUŠAR, Darja, PAPIĆ, Bojan, KOREN, Simon, TOPLAK, Nataša. Complete genome sequence of a bovine viral diarrhea virus subgenotype 1 e strain, SLO/2407/2006, isolated in Slovenia. Genome announcements, ISSN 2169-8287, Nov./Dec. 2016, vol. 4, iss. 6, str. e01310-16 (2 str.). http://genomea.asm.org/content/4/6/e01310-16.full, doi: 10.1128/genomeA.01310-16. [COBISS.SI-ID 4217978]